การเข้ามาของนักบวชรุ่นแรกในประเทศไทย เริ่มในสมัยกรุงศรีอยุธยา โดยการเข้ามาของชาวโปรตุเกส ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2054 ซึ่งอุปราชแห่งประเทศโปรตุเกสชื่อ อัลโฟโซ ดาลบูเคอร์ก เข้ายึดครองเมืองมะละกา และได้ส่งทูตเข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับไทย ในสมัยของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 ชาวโปรตุเกสนับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ดังนั้นความสัมพันธ์ทางการค้า และการเข้ามาอยู่อาศัยของชาวโปรตุเกสในกรุงศรีอยุธยา ก็ย่อมต้องนำเอาคริสตศาสนาเข้ามาปฏิบัติในหมู่ชาวโปรตุเกสด้วย แต่ก็ยังไม่ปรากฏหลักฐานชี้ชีดเลยว่ามีมิสชันนารีผู้เผยแพร่ศาสนาเข้ามาทำงานในประเทศไทย จนกระทั้งปี พ.ศ. 2110 ก็ปรากฏหลักฐานว่ามิสชันนารี คณะโดมินิกัน ซึ่งเป็นชาวโปรตุเกส 2 รูป คือ คุณพ่อคาร์โซ่ เยโรนิโม ดาครู้ส และคุณพ่อเซบาสตีอาว โด คานโต เข้ามาทำหน้าที่ดูแลวิญญาณของชาวโปรตุเกสที่กรุงศรีอยุธยา ในเวลาเดียวกัน ก็เริ่มมีการสนทนาธรรมกับชาวไทยในเวลานั้น

การก่อตั้งคณะนักบวชหญิงพื้นเมืองคณะแรกในประเทศสยาม

ในการประชุมสมัชชาที่กรุงศรีอยุธยา ช่วงเดือนมีนาคม พ.ศ. 2207 พระคุณเจ้าได้เสนอจัดตั้งคณะธรรมทูตเผยแพร่พระวรสารที่พระสังฆราช พระสงฆ์และฆราวาสชายหญิงสามารถเป็นสมาชิกได้ คณะนี้มีชื่อว่า "ผู้รักไม้กางเขน" พระสังฆราชปัลลือต้องไปที่กรุงโรมเพื่อขอการรับรองคณะนี้แต่ในที่สุดท่านไม่ได้ยื่นเรื่องนี้ อย่างไรก็ดีบรรดาหญิงสาวที่ดำเนินชีวิตตามวินัยที่พระคุณเจ้าลังแบรต์ได้มอบให้ (ในประเทศเวียดนามก่อน ส่วนประเทศไทยนั้นมอบให้ปี พ.ศ. 2215) ก็ได้ดำเนินชีวิตแบบนักบวช (ชีวิตที่ถวายแล้ว) และพวกเขาเป็นจุดเริ่มต้นของคณะนักบวชหญิงที่สังกัดสังฆมณฑลในประเทศไทยหลายคณะ คือ

• คณะรักกางเขนจันทบุรี
• คณะรังกางเขนแห่งอุบล
• คณะรักกางเขนแห่งท่าแร่

การเสียกรุงศรีอยุธยาแก่พม่าครั้งที่ 2 (พ.ศ. 2310) เป็นการสูญเสียที่ยิ่งใหญ่สำหรับประเทศสยาม และสำหรับพระศาสนาจักรในประเทศสยาม พระสังฆราช พระสงฆ์ทุกองค์ นักบวชทุกรูป และคริสตศาสนิกชนส่วนใหญ่ได้ถูกต้อนไปอยู่ประเทศพม่า บางคนได้หลบหนีจากเงื้อมมือของพวกพม่าไปอยู่ประเทศเวียดนาม รอโอกาสที่จะกลับมาประเทศสยามมม นอกจากกลุ่มคริสตชนที่จันทบุรี และภูเก็ตแล้ว มีคริสตชนจำนวนน้อยมากที่ยังเหลืออยู่ สมาชิกคณะรักกางเขนหลบไปอยู่ที่จันทบุรีได้ และตั้งแต่นั้นมานอกจากกลุ่มนี้แล้ว ไม่มีคณะนักบวชทำงานในประเทศสยามเป็นเวลาประมาณ 120 ปี

คุณพ่อกอร์เรอ จากคณะมิสซังต่างประเทศได้รอโอกาสอยู่ในประเทศเวียดนาม และท่านได้กลับมาที่บางกอกในเดือน มีนาคม พ.ศ. 2312 ได้พบกลุ่มคริสตชนประมาณหนึ่งร้อยคน พร้อมกับกลุ่มนี้ ท่านก็ได้เริ่มสร้างพระศาสนจักรอีกครั้งหนึ่ง สมาชิกคณะมิสซังต่างประเทศได้อบรมสั่งสอนบรรดาชายหนุ่ม เพื่อให้เขาบวชเป็นพระสงฆ์ ได้อบรมสั่งสอนพวกสาว ๆ ที่จะดำเนินชีวิตแบบนักบวช ด้วยความร่วมมือของพระสงฆ์ชาวสยาม หญิงสาวรักกางเขนและครูคำสอนได้ร่วมกันก่อตั้งกลุ่มคริสตชนขึ้นมา คณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสอยู่ในประเทศไทยเป็นเวลายาวนานถึง 340 ปี

พระสังฆราชหลุยส์ เวย์ ได้ปกครองมิสซังสยามตั้งแต่ปี พ.ศ. 2418 จนถึง พ.ศ. 2452 ช่วงเวลานั้นจำนวนคริสตชนได้ทวีขึ้นมาก แม้ว่าจะพบปัญหาหนักมากหลายเรื่องด้วยกัน พระคุณเจ้าก็มิได้ท้อใจ ยังคงทำงานอย่างเข้มแข็งต่อไป ในระยะนี้ได้มี คณะนักบวชจากต่างประเทศเข้ามาและอีกหลายคณะได้ถือกำเนิดขึ้นมาในประเทศไทย และมีภารกิจหลากหลายตามพระพรของแต่ละคณะดังจะได้กล่าวต่อไป....

ในปี พ.ศ. 2418 วัดอัสสัมชัญยังไม่ได้เป็นอาสนวิหาร เป็นแต่เพียงวัดเล็ก ๆ ในปีพ.ศ. 2427 พระคุณเจ้าเวย์เข้าใจว่าพวกโปรแตสเตนท์จะเปิดโรงเรียนรับเด็กต่างชาติ ท่านจึงตัดสินใจเปิดโรงเรียนสำหรับเด็กหญิงโรงเรียนหนึ่ง และสำหรับเด็กชายอีกโรงเรียนหนึ่ง เพื่อให้กิจการนี้ดำเนินกิจกรรมไปได้ พระคุณเจ้าได้ส่งคุณพ่อเปอัง ไปประเทศฝรั่งเศสเชิญคณะนักบวชชาย (ภราดา) และคณะนักบวชหญิงมาช่วย คณะภราดาเซนต์คาเบรียลมาในปี พ.ศ. 2444 แต่คณะซิสเตอร์แห่งพระกุมารเยซู ซึ่งทำงานที่สิงคโปร์อยู่แล้วสามารถเข้ามาช่วยทันที ในปี พ.ศ. 2428

ในปี พ.ศ. 2428 คณะพระกุมารเยซู ได้เข้ามาดำเนินกิจการโรงเรียนในประเทศไทย โดยสอนภาษาอังกฤษแก่เด็กนักเรียน และรับนักเรียนประจำ บรรดาซิสเตอร์มีบ้านพักอยู่ที่หน้าวัดกาลหว่าร์ กรุงเทพฯ ต่อมาก็ได้ย้ายมาดำเนินกิจการโรงเรียน และรับนักเรียนประจำที่บริเวณ ถนนคอนแวนต์ สีลม เป็นที่น่าเสียดายที่คณะพระกุมารเยซู ได้ทำงานเพียงช่วงระยะเวลา 22 ปีเท่านั้น ก็ได้ออกจากประเทศไทยไป แต่ภายหลังคณะนี้ได้เข้ามาดำเนินงานในประเทศไทยอีกครั้งหนึ่ง ในปีพ.ศ. 2499 ตามคำเชิญของ ฯพณฯ พระสังฆราช สงวน สุวรรณศรี ประมุขสังฆมณฑลจันทบุรี โดยไปเปิดโรงเรียนที่จังหวัดชลบุรี ชื่อว่า โรงเรียนเมรี อิมมาคุเลต คอนแวนต์ และในระหว่างที่รอคอยการก่อสร้างอาคาร ก็ได้เปิดโรงเรียนของวัดพระมหาไถ่ ที่กรุงเทพฯ ไปด้วย ปัจจุบัน คณะทำงานในหลายสังฆมณฑล

ในปี พ.ศ. 2432 คุณพ่อกองตัง ยัง บัปติสต์ โปรด็อมม พระสงฆ์คณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสได้ไปแพร่ธรรมทางภาคอีสานโดยเริ่มต้นที่เมืองอุบลฯ ท่านได้แลเห็นว่าน่าจะมีนักบวชหญิงมาช่วยงานแพร่ธรรมของพระศาสนจักรในเขตนี้ ท่านจึงได้เปิดบ้านของคณะรักกางเขนที่อุบลขึ้น โดยถือตามจิตตารมณ์รักกางเขนของ ฯพณฯ พระสังฆราชปีแอร์ มารีย์ ลังแบรต์ เดอ ลาม็อต คณะใหม่นี้ได้เริ่มต้นทำงานที่อุบลฯ โดยรับเลี้ยงเด็กกำพร้า สอนคำสอนให้กับเด็ก ๆ และชาวบ้าน ในบ้านของคณะที่บ้านบุ่งกะแทว อ.เมือง จ.อุบลฯ ปัจจุบันคณะรักกางเขนแห่งอุบลฯ นี้ ได้เป็นกำลังสำคัญในงานแพร่พระวรสารในสังฆมณฑลอุบลฯ และสังฆมณฑลอื่น ๆ ในแถบนั้น รวมทั้งส่งธรรมทูตไปทำงานที่ประเทศกัมพูชาด้วย

คณะเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร ได้เข้ามาในปี พ.ศ. 2441 จากการเชื้อเชิญของพระสังฆราชหลุยส์ เวย์ฯ